ポルトガル中南部の東寄り、緩やかな起伏の続く丘陵地帯が広がるアズレージョ地方の小都市エボラ(Évora)の城壁に囲まれた旧市街にある教会。エボラのバスターミナルから徒歩約20分の場所にある。15~16世紀にかけて建造されたゴシック様式とポルトガル独特のマヌエル様式が混在する建物である。内部には、18世紀に大理石でつくられた主祭壇がある。その主祭壇の右手に人骨堂(Capela Dos Ossos)がある。この人骨堂がこの教会の最大の見どころとなっている。人骨堂は人骨で壁や柱が埋め尽くされている異様な礼拝堂で、修道士たちが瞑想を行う場所として、16世紀に3人の修道士が墓地から持ってきた5000体の人骨を使ってつくったものである。サンフランシスコ教会のほかエボラカテドラル、ディアナ神殿、ロイオス教会などがある城壁に囲まれた旧市街の(歴史地区)全体が世界遺産に登録されている。