根に入る（読み）ねにいる

精選版 日本国語大辞典

ね【根】=に［=へ］入(い)る

1. ① 病気などが深く体を侵して、なかなかなおらないようになる。病状が膠着する。病(やまい)膏肓(こうこう)に入る。
2. ② 奥深くしみこむ。根底深く入る。内部に入りこむ。
   1. [初出の実例]「今は金銀うめきて、遣へど跡はへらず、根(ネ)へ入ての内証吉、是を楠木分限といへり」(出典：浮世草子・日本永代蔵（1688）二)
3. ③ 心にたたみこむ。得心する。よく心得る。納得する。
   1. [初出の実例]「なをねにいれてふかけれども、ちゑをくらますところありて」(出典：仮名草子・清水物語（1638）下)

出典　精選版 日本国語大辞典