分子状酸素の存在下では生存できないか、生存しにくい細菌をいう。その耐えうる酸素分圧の度合いは細菌によってさまざまである。分子状酸素によって生存不可能になる細菌を偏性(絶対的)嫌気性細菌といい、分子状酸素があっても生育可能な菌を通性(条件的)嫌気性細菌という。
嫌気性細菌には、クロストリジウム、硫酸塩還元細菌、硫黄(いおう)細菌、メタン細菌、乳酸菌など多くの細菌が含まれる。土壌中などでは好気性細菌と共存し、空気が存在する所でも分布することがある。分子状酸素が生存に有害である理由は、嫌気性細菌が酸素に感受性があるためであり、有気呼吸を行った場合、その結果できた過酸化水素を分解するカタラーゼを形成する酵素系がないからとされている。大気と直接接触していない生物圏では、長期にわたって無気状態が維持されるが、光条件下では、嫌気性細菌によって生産と分解の独特な系が構成され、次のような物質循環が行われる。まず、光合成細菌である紅色硫黄細菌や緑色硫黄細菌は硫化水素を還元剤として利用し、二酸化炭素を同化して細胞物質をつくる。やがて光合成細菌が死滅すると、クロストリジウムや他の分解力のある嫌気性細菌によって細胞物質が分解され、二酸化炭素、水素、アンモニア、有機酸やアルコールなどが生成される。これらの生産物は硫酸塩還元細菌やメタン細菌によって嫌気的に酸化され、硫化水素や酢酸となる。硫化水素は光合成硫黄細菌、酢酸は紅色非硫黄細菌に移行する。一方、メタン細菌によってできたメタンガスや二酸化炭素は、嫌気性環境の圏外に排出される。
[曽根田正己]
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